Fakultas Kedokteran UM Palembang dirintis hari Jum’at tanggal 12 Sya’ban 1426 Hijriah (16 September 2005) dalam rapat senat UM Palembang dengan acara membahas rencana pendirian Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Palembang.
Hasil audiensi pada awal tahun 2006 dengan Rektor dan Dekan FK Universitas Sriwijaya didapatkan dukungan untuk rencana berdirinya FK UM Palembang dengan Surat Keputusan Rektor Universitas Sriwijaya nomor 889/H91.4/C.3/2007 tanggal 15 Februari 2007 tentang kesediaan Univeritas Sriwijaya sebagai universitas pembina.
Menindaklanjuti hasil audiensi tersebut, Rektor Universitas Sriwijaya memben-tuk panitia penyusunan proposal pendirian Fakultas Kedokteran UM Palembang yang diketuai oleh Prof. Dr. K. H. M. Arsyad, DABK. Sp.And. sampai kepada diselengga-rakannya SEMILOKA pembukaan Fakultas Kedokteran UM Palembang pada tanggal 27 Januari 2007.
Rektor Univeritas Muhammadiyah Palembang melalui suratnya nomor 157/I-13/UMP/II/2007 tanggal 28 Februari 2007 mengajukan surat permohonan izin untuk menunjuk Prof. Dr. K. H. M. Arsyad, DABK. Sp.And. sebagai calon Dekan Fakultas Kedokteran Univeritas Muhammadiyah Palembang. Selanjutnya pada tanggal 3 April 2007, melalui surat nomor 407/I-13/UMP/IV/2007 Rektor kembali membuat surat mengenai lzin Personalia Panitia FK UM Palembang.
Berdasarkan naskah kerjasama (Memory of Understanding/MoU) antara Unsri dan UM Palembang nomor 610/PT.II.12/G/2005 dan nomor 565/H-I/UMP/V/2005 tanggal 25 Mei 2005, tahun 2005 dilakukan pembentukan panitia bersama dengan Surat Keputusan Rektor UM Palembang nomor 089/E-8/KPTS/UMP/VIII/2005 tanggal 4 Agustus 2005 tentang Panitia Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran UM Palembang dan Surat Keputusan Rektor UM Palembang nomor 138/J-18/KPTS/UMP/ IX/2006 tanggal 9 Oktober 2006. Kedua Surat Keputusan tersebut diperbaharui dengan Surat Keputusan Rektor nomor 163/E-I/KPTS/UMP/XI/2007 tanggal 28 Juli 2007 tentang Pembentukan Panitia Pendirian Fakultas Kedokteran UM Palembang, terakhir diperbaharui lagi dengan Surat Keputusan Rektor UM Palembang nomor 271/E-1/KPTS/UMP/XI/2007 tanggal 14 November 2007 tentang Pembentukan Panitia Pendirian Fakultas Kedokteran UM Palembang dan surat persetujuan Dekan Fakultas Kedokteran Unsri nomor 889/H.91.41C.3/2007 tanggal 15 Februari 2007 dan surat Rektor Unsri nomor 1089/H.9.3/KD/2007 tanggal 5 Juni 2007 tentang izin personalia pendirian Fakultas Kedokteran dari Unsri.
Selanjutnya dilaksanakan visitasi oleh tim KKI/MKK pada tanggal 17-18 April 2008. Tim tersebut terdiri dari Prof. Dr. Lukman H. Makmun, Sp.PD.(K), Prof. Dr. Mardjanis Said, Sp.A.(K), Dr. Achmad Aulia Yusuf, Ph.D. Pada tanggal 11 Juli 2008 nomor 2130/D/T/2008, Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional mengeluarkan izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter (S1) Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Palembang.